Die Oberlinstiftung wurde vom Verein Oberlinhaus im Juni 2002 in Potsdam-Babelsberg gegründet.Sie ist eine rechtsfähige kirchliche Stiftung des bürgerlichen Rechts mit Sitz in Potsdam/Babelsberg und verfolgt ausschließlich und unmittelbar mildtätige und kirchliche Zwecke.

Die Stiftung fördert die kirchlich-diakonischen Aufgaben des Verein Oberlinhaus insbesondere durch die vollständige oder teilweise Übernahme von Behandlungskosten für bedürftige Menschen. Diese Menschen sind auf therapeutische Maßnahmen angewiesen und haben keinen Anspruch auf eine Kostenübernahme durch Dritte. Die Stiftung unterstützt auch die evangelische Oberlinkirchengemeinde.
Die Oberlinstiftung setzt sich aber auch vor allem für die Förderung neuer innovativer Projekte des Oberlinhauses wie z. B. den Erweiterungsbau der Oberlinschule ein.